לאחר הביקור במוזיאון אנו נבקר בכנסיית פטרוס הקדוש, כנסיית האם של הנצרות הקתולית-רומית וסמלה של מדינת הוותיקן. כנסייה זאת היא המבנה המרכזי של קריית הוותיקן ונחשבת למבנה הדת הנוצרי הגדול בעולם, שיכול להכיל בתוכו עד כ-60,000 איש. על פי המסורת הקתולית, הכנסייה היא מקום קבורתו של פטרוס הקדוש, שהיה אחד משנים עשר השליחים של ישו. מסיבה זו, רבים מהאפיפיורים קבורים בה. גם כאן נמצאים אוצרות אומנות רבים מהם נוכל להתרשם, כאשר המפורסמים שבהם הם פסל הפייטה של מיכאלאנג’לו, ופסלו המפורסם עשוי הברונזה של פטרוס הקדוש, אשר נחשב לאפיפיור הראשון.